Po tym jak Mario i Luigi udaremnili plan Bowser na poślubienie Księżniczki Peach, muszą teraz zmierzyć się z nowym zagrożeniem ze strony jego syna. Bowser Jr. jest zdeterminowany, by uwolnić swojego uwięzionego ojca i przywrócić potęgę swojej rodziny.
Z pomocą starych i nowych sojuszników bracia wyruszają w międzygwiezdną podróż, przemierzając kolejne planety, aby powstrzymać ambitnego dziedzica i jego niebezpieczną misję.